Trong những năm đầu triều đại của mình, Amenhotep IV sống tại Thebes cùng với Nefertiti và sáu người con gái của ông. Ban đầu, ông tiếp tục cho phép thờ cúng các vị thần truyền thống của Ai Cập nhưng ở gần ngôi đền Karnak (trung tâm chính của sự thờ cúng thần Amun-Ra), ông đã xây dựng một số công trình lớn bao gồm các ngôi đền dành cho thần Aten. Thần Aten thường được miêu tả là một đĩa mặt trời với các tia sáng kéo dài cùng những bàn tay người nhỏ bé ở mỗi đầu.[61] Những công trình này sau đó bị những vị vua kế vị ông phá hủy và chúng được sử dụng làm vật liệu trám vào những chỗ hở trong các công trình xây dựng mới tại ngôi đền Karnak; Sau này, các nhà khảo cổ học đã phát hiện được khoảng 36.000 khối đá trang trí vốn có nguồn gốc từ ngôi đền của Aton ở nơi đây, những khối đá này còn lưu giữ các hoạ tiết của những bức phù điêu trang trí ban đầu và các dòng chữ khắc[62].

Vào năm trị vì thứ năm của mình, Amenhotep IV đã tiến hành những bước đi quyết định để hợp thức hóa Aten trở thành vị thần duy nhất của Ai Cập: vị pharaon này "bãi bỏ các chức tư tế của tất cả các vị thần khác... và chuyển lợi tức từ những giáo phái này sang cho thần Aten ". Để nhấn mạnh sự toàn tâm toàn ý của mình đối với thần Aten, nhà vua đã chính thức đổi tên gọi của ông từ Amenhotep IV sang thành Akhenaten hay "Linh hồn sống của Aten".[62] Năm thứ năm của Akhenaten cũng đánh dấu việc bắt đầu quá trình xây dựng kinh đô mới của ông, Akhetaten hay "Chân trời của Aten", tại địa điểm được biết đến ngày nay là Amarna. Rất nhanh chóng sau đó, ông đã tập trung các hoạt động tôn giáo của Ai Cập ở Akhetaten, mặc dù quá trình xây dựng thành phố này dường như vẫn còn tiếp tục diễn ra trong nhiều năm tiếp theo.